第二天沈飛又收到密信，崇禎說到他和閻應元商量整頓京營的方法，問閻應元京營要淘汰多少人，閻應元回答很干脆“全不可用”，讓崇禎吃了一驚，京營編制十二萬人，就算吃空餉，實際上一半人總是有的，整整六萬人按閻應元的標準沒有一個能留下。

閻應元解釋戚繼光選兵第一條就強調“切忌不可用城市油滑之人”，京營里都是北京累積幾代的地痞無賴，是油滑中的油滑。即便本來中間有幾個老實人，在這種環境下其他人也非把他帶壞不可。必須像戚繼光當年在浙江抗倭時一樣，踢開衛所兵，另起爐灶在義烏征新兵訓練成軍才管用。

崇禎被閻應元說服了，不過又問京營六七萬人全部一次性裁掉可能會惹出亂子，如果不裁昭舊養著空耗錢糧又不劃算。閻應元說與其朝廷裁掉他們，不如讓他們自己退出，他已經有了方案。崇禎就任命閻應元錦衣衛指揮使兼管京營提督。閻應元已經以增補一千人為由向京營派出了密探，之前李守琦裁掉三千，揪出冒名一千，折騰掉了四千人，增加的一千人根本沒有引起懷疑。

十天后，查清楚了京營的情況，閻應元就開始動手，沈飛也穿上錦衣衛制服去現場看了看熱鬧。在校場聚集京營三大營人馬，先假意說崇禎登基以來還沒有犒賞過京營將士，這次要特別在正餉之外給每個士兵發四兩銀子，在場的人聽到這個消息都很高興，到了規定的時候，所有人都在來到了校場上，平時不來的都特地來領銀子了。

這時周圍已經搭起了長棚，擺上了桌椅，新增加的一千人都已經穿上了錦衣衛制服坐在桌子后面。閻應元站在校場中間的高臺上，左右站著六十個隊列整齊手持鳥銃弓箭的錦衣衛，讓人把一箱箱銀子抬到臺下，拿出兵部調令宣布說這些錢既是犒賞，又是提前發的慰勞銀。現在建虜猖獗，薊鎮空虛，領完錢三大營調往薊鎮駐扎。

這樣一來下面的士兵一陣嘩然叫罵，閻應元讓兩邊的錦衣衛放了一排鳥銃警告，訓斥說朝廷平時也沒有虧待京營，邊軍連年欠餉，饑寒交迫，他們在京城從來沒有缺過餉銀衣食，怎么還不滿足，要調他們去邊鎮就這樣大吵大鬧，再喧嘩吵鬧的軍法從事。鎮住了大部分人，還有十幾個繼續嚷嚷的直接被鳥銃弓箭射殺了，這下沒人再敢發場，甚至有些人嚇得尿了褲子。

閻應元讓他們有什么話推舉出一個人來說，前排幾個將領商量后，其中一個說京營已經很長時間沒有打仗了，鎮守不了薊鎮這樣重要的地方，閻應元反問莫非北京城不是重要的地方嗎？那個副將沒詞了。接著閻應元說出真實意圖，如果有真的不愿意去的也可以，馬上退出京營，不過要繳銀作為朝廷另外募兵的費用。士兵每人十兩，把總二十兩，游擊將軍四十兩，參將六十兩，大將二百兩。

這也是閻應元和崇禎經過商量計算的。進入京營的名額很多人都是買來的，都有些錢和關系。北京城是富商文人官員匯聚的地方，就是把房子租給這些人都能有豐厚的收入，在京城居住幾代的市民不會缺錢，何況這些年發給京營士兵的軍餉就超過一百兩了，要回十兩只是十分之一，將官更不用說了。

臺下沉默了一陣，從來領銀子到要出銀子，前后反差太大，一時轉不過彎來。閻應元又說要是不退出，今天下午就開拔往薊鎮去，要是中途再反悔當逃兵，軍法無情家屬連坐。這句話一說，很快有個游擊將軍表示退出，在錦衣衛的指引下到旁邊一個棚子下登記，當場拿出四十兩會票給登記的錦衣衛辦理了手續，脫下盔甲走了。

有了帶頭的，其他人也蜂擁而上，大約有五萬人要退出，在錦衣衛的組織下，分成每排五十人，半天時間辦理完退出軍籍手續。帶錢的當場交錢，沒帶錢的登記了姓名住址家庭信息也不怕收不到。剩下的一萬人里，經過甄別篩選，又淘汰掉兩千人。最后剩下八千人調往薊鎮。崇禎補發軍餉讓王之臣平息了寧遠兵變以后，已經讓滿桂帶一萬關寧軍移駐薊鎮，這八千人到了薊鎮以后自然由滿桂整頓，一天時間，京營就完成了淘汰清理。

當天下午，錦衣衛又抓獲了四百名離開軍營以后散布謠言的，并且把他們的親屬和背后的勢力挖了出來，公示抄家。之前進入京營的一千錦衣衛已經在十天里把京營中最奸猾最喜歡造謠生事的人和他們的社會關系背景查清楚，這些人離開后就跟蹤監視，查清楚他們去了哪里、和誰接觸、和誰說話后抓起來，稍加刑訊審問就取得了口供，不僅這次串聯造謠的事情，連以前干過的臟事都招了出來。關聯的太監、商人、勛貴奏報崇禎，崇禎讓錦衣衛把他們全抓進了詔獄，有了這些人的榜樣，原來的京營士兵再也不敢興風作浪了。

一天之內把京營收拾干凈，很快就成了北京城里街談巷議的奇聞，官民難得達成了一致，平時被京營士兵欺負多了的小商販當然開心，一直因為京營這個大麻煩頭大的官員們也感覺輕松。

緊接著很快知道了后續消息。閻應元派出兩千錦衣衛到北直隸各州府重新招兵，每個招一百人，交代全都要吃苦耐勞，性情剛直的“良家子”。招滿二十萬人以后經過初步比試淘汰，留了十萬人組建新的京營重新開始訓練。

訓練的內容沈飛非常熟悉，就是在《神雕》世界里干過的，按戚繼光的練兵步驟，練膽氣、練耳目、練手足、練心力、練營陣、練軍器。定期公開測試淘汰，缺額部分再重新招募訓練，沒有鐵飯碗。