十天之后，沈飛收到邸報和密信的消息，錦衣衛“教導連”正式發威了，錦衣衛也進行了徹底的改組。

事情還是從整頓京營開始的，張慶臻把整頓京營的事情辦砸了，還拖下水了劉鴻訓，使內閣成員來了地震式的大換血，京營的整頓卻還要繼續。崇禎在兵部和吏部的推薦下，在文華殿召集了寧陽侯陳光裕、襄城伯李守琦、清平伯吳遵周，誠意伯劉孔昭四個人，讓他們各自說說整頓京營的想法，幾個人面試下來以李守琦的想法最有條理，說出了十幾條措施，自信程度堪比茅元儀，似乎只要任用他就能掃除京營弊端，整頓出十萬精兵來，讓崇禎大贊人才，任命他提督京營，可是沒過幾天馬上就碰了一個大釘子。

李守琦上任以后，一開始確實雷厲風行地干了幾件事，四天內就宣布清退老弱三千多人，把一千多個冒名頂替的人打了一百軍棍，又砍十幾個在街頭打架斗毆的營兵，這樣一通雷霆手段下來，自以為可以嚴明軍紀，把京營收拾了服服貼貼，就上疏夸耀。

可是到了第六天，就有一隊京營士兵，不知道在誰的指使下，帶著兵器，騎馬在街上橫沖直撞，喝了酒后，沖到店鋪里搶劫并砍傷了店主，甚至一路沖到皇宮附近的大明門外，揮舞兵器大聲吵鬧。錦衣衛上去查問，這些士兵說是襄城伯讓他們長長血性，和錦衣衛發生了沖突，最后錦衣衛和巡捕營聯合才把二十多個人制服抓捕。

京營士兵公開作亂，性質嚴重。這還只有二十多人，如果是兩百、兩千麻煩就大了。雖然很容易就能想明白這事情不可能是李守琦指使的，是有人在使壞想把李守琦整下去，攪黃京營整頓的事情，可是畢竟是在擔任京營提督以后鬧出來的亂子，他也肯定有責任，崇禎只能把他停職，第二次整頓京營又宣告中斷失敗。

崇禎又找了一些武官勛貴問京營究竟是怎么回事，誠意伯劉孔昭感嘆，京營的營兵都是北京的老居民，標準的地頭蛇，和京城里方方面面的勢力都有聯絡，身份從販夫走卒，到權貴仆從，從錦衣衛到太監宮女家屬乃至后妃外戚，幾乎每一個都有背景，整治哪有這么容易的？高文彩也說北京城里的流言大多出自三大營，一人造謠進營傳到一隊，一隊傳一營，一營能傳遍全城、傳到滿朝文武、傳進內廷，煽動力極強。恭順侯吳汝胤更直說誰真下手整治京營，沒有幾天真假各種流言就遍布北京城，還沒治營兵，自己就先被治了。

崇禎看他們都叫苦，問京營莫非就沒法治了？劉孔昭連嘆艱難。崇禎問如果自己來治呢？吳汝胤說崇禎日理萬機，哪有空親自治理京營，接著說了大實話，明槍易躲暗箭難防，營兵大多是幾代久居京城，人脈廣泛，親友遍及各行各業。工匠酒食醫藥都有相關，如果暗處做些手腳也難查難防，崇禎也難保萬全。武宗和熹宗都是落水不久病死，誰也保證不了沒有蹊蹺。崇禎就決定京營先不動，還是先調來自己的嫡系力量，閻應元訓練的錦衣衛教導連再說。

崇禎向高文彩詢問了訓練情況，短短不到兩個月的訓練，如果讓這支教導連和后金精銳拼殺還不行，不過先整治內部已經夠了。崇禎就讓高文彩秘密把閻應元率領的這支教導連調進北京皇宮里。當天下午讓這一百三十三人分成十三隊穿便服分批騎快馬進了北京。

北京城達官勛貴云集，每家都養了不少家丁，還有一些大商幫雇請的保鏢，人數比這多的都有不少，不會引起注意。傍晚高文彩安排他們在城里一處秘密地點集結，給他們換上了錦衣衛制服和腰牌，按正常的錦衣衛輪值換班程序，把這些人安排進了皇宮，崇禎檢閱后個個都精悍有懾人的氣勢。

當天晚上半夜，崇禎把教導連安排在了武英殿內外，召集相內閣首輔、次輔，兵部尚書、兵科都給事中和幾個給事中以及錦衣衛高官，開了次小規模會議，提出了整頓錦衣衛。

說到任用官員推薦的勛貴整頓京營連連受挫的事情，說明憑資歷身份任用人辦事是不行了的。想振作武備不能再因循舊制，論資排輩，要打破用人制度開始，能力出眾的，不管出身地位怎么樣都應該重用。能力平庸低劣，不管家世怎么尊貴，官職品階怎么高，都不能再占高位了。

京營要一下子整頓好不容易，就先從護衛親軍錦衣衛開始整頓。錦衣衛已經裁減一半，不過光裁減校尉、將軍、力士還不夠。錦衣衛官員要換，產生錦衣衛各級統領的方式也要換。錦衣衛掌衛事鄭士毅問怎么換法，崇禎說直接通過教場比武，勝出的可為錦衣衛統領，不必再由兵部論資排輩推舉人選。

韓爌經過兩次內閣成員出事，已經不想在沾惹麻煩，說錦衣衛人事，向來是兵部和錦衣衛堂上官決定的，他沒什么意見。一副不支持、不反對、不關心，能不管就不管的態度。王在晉表示支持，事情是因為他推薦的人整頓京營失敗引起了的，他本來就有愧，加上在被彈劾事件中崇禎把他保了下來，當然不會有異議。

兵科都給事中熊奮渭，雖然沒有進貳臣傳，后來也是降了清的。一開始想表示反對，剛說了沒幾句，就看到了崇禎殺人的眼光。崇禎打算如果有人反對就直接杖殺立威強行推行的，不過那樣后續的事會加大阻力，是作為最后的手段。幸虧熊奮渭被崇禎的眼光嚇住了，中途轉向說自己不在行，突然間分析不出利害得失，還是聽聽其他給事中的看法。熊奮渭不當出頭鳥踢了皮球，其他給事中當然不會表示異議，許譽卿更表示本來就應該這樣。