知道沈飛和完顏萍準備離開了以后，崇禎在政務變革也加速了，選舉了國會，各地區各階層選舉出了五百個人，女性成員占四分之一，職能就是立法和彈劾，計劃也是五年改選一次。沈飛對此也產生了興趣，找到崇禎詢問他的思路：“你是打算采用一院制，不是兩院制”？
崇禎說：“對。歐洲采用兩院制是他們剛剛脫離封建社會，還有大量封建貴族，才用上院安置這些貴族。中國周秦之變以后封建制度成為歷史，宋代科舉擴大之后魏晉開始的門閥也瓦解了，各地區之間的聯系交流遠比美國建立時頻繁，不是從邦聯制到聯邦制，美國國會成立時還沒有開始西進運動呢，中國沒有必要分成兩院”。
沈飛問：“那這一院實際上就是參議院的職能了”？
崇禎說：“是的。民間的各種結社實際上就有類似眾議院的作用，歷史上復社居然可以運作首輔人選，讓周延儒上臺，能量比眾議院大得多了。從其中選一些代表進入國會就行了，不能再擴大他們的能量，否則就和歷史上崇禎末年沒有區別了。
還有彈劾的問題，我是打算四品以下的官員科道彈劾以后移交都察院調查審理。四品以上官員任免，則需要經過國會最終敲定，避免再出現隨便一個科道言官彈劾就可以扳倒首輔級大佬的事情”。
沈飛說：“也就是說以后皇帝的權力會逐漸虛化？那么如果國會和內閣、參謀部這些重要機構之間發生矛盾怎么辦？像北洋時的府院之爭，搞得民間都參與進來形成五四運動。后世這樣的事情應該是交給憲法審查吧？那還要建立最高法院了。現在連成文憲法都沒有，你不會打算像王夫之提議的制訂成文憲法吧”？
王夫之是這些年脫穎而出的一批年輕學者最出色的幾個之一，和歷史上一樣提出了虛君立憲主張，“預定奕世之規，置天子于有無之處，以虛靜而統天下，則不恃貴戚舊臣以夾輔”，不過王夫之最大的成就還不是這個，是和宋應星一起聯合創立了完整的進化論，包括生物進化論、社會進化論，乃至文明進化論。
從《莊子》、王充開始就認為生物會有變異，不過多是出于想象。歷史上明朝就有相應的進化論思想，李明珍的《本草綱目》不僅是醫藥學著作，更是一本博物學著作。排列原則是“由賤至貴”，礦物（非生物）、植物、動物，最后是人。動物按蟲、鱗、甲、禽、獸排列，共收物1892種，沈飛以前就見過比較論文，認為李明珍的排列比起兩百年后的林奈還精密。宋應星著作中已經提到了人工培育會使稻種變異優化，對于蠶種的培育選擇更是涉及變異、遺傳、選擇，優勝劣汰選擇出良種，后來被達爾文引用作為進化論的證據。
王夫之論述的進化論則是社會進化論和文明進化論：“三代沿上古之封建，國小而君多，聘享征伐一取之田，蓋積數千年之困敝，而暴君橫取，無異于今川、廣之土司，吸龁其部民，使鵠面鳩形，衣百結而食草木”，直接指出了三代其實是像如今川廣土司殘酷盤剝部民的落后狀態，而不是理想社會，這個觀點現在已經獲得很多人的支持，今后就不會再出現把周秦之變以后稱為“封建社會”，又以勢壓人定論幾十年的超級大烏龍了。
“大昊以前，中國之人若麋聚鳥集，非必日照月臨之下皆然也，必有一方焉如唐、虞、三代之中國。既人力所不通，而方彼之盛，此之衰而不能征之，迨此之盛，則彼衰而弗能述以授人，故亦蔑從知之也”，大昊以前中國的人也像一群禽獸聚集，肯定有一方像三代時中國一樣進入了文明社會，只是沒有交流不知道，等中國進入了文明社會，交通通訊進步了，對方又衰落了無法記錄傳授，也無從得知。
其他地方的文明有興衰，中國也一樣“中國之文，乍明乍滅，他日者必且陵蔑以之于無文，而人之返乎軒轅以前，蔑不夷矣”，歷史上王夫之的這種判斷吻合中國后來被滿清占領以后的三百年文明時間文明衰落。
王夫之能有這種認識，是現在中國和歐洲交流頻繁了起來，對世界文明史有了一定認識，第二則是“以近小者推之”，從中國的歷史上吳、楚、閩、越、齊、晉、燕、趙、粵、滇、黔各地區，從漢朝開始到隋唐和宋明以來社會文化經濟以及世道人心的起伏變化，由近及遠推測全世界都是這樣。
“故吾所知者，中國之天下，軒轅以前，其猶夷狄乎！太昊以上，其猶禽獸乎！禽獸不能備其質，夷狄不能備其文……所謂饑則呴呴，飽則棄余者，亦直立之獸而已”，這一段則是從歷史進化論、文明進化而轉向了生物進化論，而且比之前那句“大昊以前，中國之人若麋聚鳥集”更加直接，直接點出當時人“亦直立之獸而已”，人也是由禽獸進化來的。
歷史上王夫之沒有機會和宋應星交流，現在這些思想和宋應星互相交流碰撞，加上崇禎的引導，中國又沒有基督教神創萬物的思想統治，就形成了成體系的進化論理論。
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