對(duì)日本的戰(zhàn)事剛剛結(jié)束不久，戰(zhàn)時(shí)狀態(tài)還沒(méi)有宣布結(jié)束，正好又掀起開拓南洋的戰(zhàn)事。這次戰(zhàn)爭(zhēng)是由鄭芝龍的勢(shì)力作為主力，明朝官方只是提供錢糧和武器，而且這是朝廷早就給鄭氏安排的出路，很早就已經(jīng)準(zhǔn)備搜集南洋的情報(bào)。

并且南居益明確提醒和要求鄭芝龍整合內(nèi)部勢(shì)力，不能像原來(lái)那樣只是盟主，必須按明朝軍制建立起明確的上下級(jí)垂直管理關(guān)系，所有船只都花錢收購(gòu)了下來(lái)，船長(zhǎng)和主力人物都是鄭芝龍派遣直接控制，而不是其他海盜加盟，不樂(lè)意了隨時(shí)可以離開。

不認(rèn)同這種內(nèi)部整合的人統(tǒng)統(tǒng)已經(jīng)排擠掉了，這樣雖然使勢(shì)力有所縮水，但是作戰(zhàn)時(shí)不會(huì)有從內(nèi)部瓦解的危險(xiǎn)。總兵力和東江鎮(zhèn)差不多，也有十五萬(wàn)，家屬也差不多三十萬(wàn)。大部分生活在福建，也有一部分移民到了臺(tái)灣。

發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)之前當(dāng)然還是要辦理相關(guān)的政治聲明和輿論手續(xù)的，不過(guò)這次沒(méi)有派使者，荷蘭和西班牙沒(méi)有對(duì)等的官方機(jī)關(guān)在南洋，還不夠外交級(jí)別。明朝官方只是發(fā)了一份檄文式聲明，重提了萬(wàn)歷年間屠殺明朝籍漢人的事情，邸報(bào)和宣化司也進(jìn)行了一波宣傳，處置了當(dāng)年瀆職的官員，接下來(lái)先頭部隊(duì)出來(lái)五萬(wàn)人正式打開。

明朝官方雖然沒(méi)有拿出最高配置的武器，北京、遼東、蕪湖、南京四大官營(yíng)軍工基地全力開動(dòng)，各個(gè)軍備倉(cāng)庫(kù)也開始了清庫(kù)存，通過(guò)海路運(yùn)輸源源不斷運(yùn)往南方。這次不僅是海戰(zhàn)，也有一些登錄作戰(zhàn)，因此手榴彈（擊賊神機(jī)石榴炮）大量準(zhǔn)備和新造，也制作了小型的類似“潑喜軍”式的一次投擲幾百枚的投石機(jī)和低配版的連弩作為登陸后的陸戰(zhàn)裝備。

荷蘭人和西班牙人戰(zhàn)斗力比日本人強(qiáng)一些，但是也不會(huì)是全力開動(dòng)的明朝國(guó)家機(jī)器的對(duì)手，就是步步為營(yíng)，絕不冒險(xiǎn)，用數(shù)量的裝備優(yōu)勢(shì)碾壓，俞大猷的《正氣堂集》里就說(shuō)過(guò)“海上之戰(zhàn)無(wú)他術(shù)，大船勝小船，大銃勝小銃，多船勝寡船，多銃勝寡銃而已”，這個(gè)思想和近現(xiàn)代海戰(zhàn)沒(méi)有差別。就用這種辦法，一個(gè)島一個(gè)島攻擊，損失多少船只補(bǔ)充多少，消耗多少武器彈藥就補(bǔ)充多少，攻擊部隊(duì)始終保持滿員，后續(xù)增兵留駐各島。

只不過(guò)這次要攻擊的目標(biāo)比較多，不是只有鹿兒島和奄美群島，所以這次戰(zhàn)事前后持續(xù)了整整三年才拿下了南洋要地。為此還另外新開了登萊、福州和陜西三個(gè)大型軍工生產(chǎn)基地。隨著邸報(bào)戰(zhàn)事跟蹤報(bào)道，泗水、文萊、巴鄰旁（巨港）、麻六甲、雅加達(dá)一個(gè)個(gè)沈飛在《大航海時(shí)代4》里見(jiàn)過(guò)的港口被明軍控制。

接下來(lái)就是法律上派遣官員調(diào)查當(dāng)年屠殺明籍漢人的兇手，審判罪行，高級(jí)頭目判死罪，普通士兵除了少數(shù)罪惡深重的判處年代不等的勞役，當(dāng)然還有一部分參與的土著也一并處理。在戰(zhàn)爭(zhēng)中俘虜了一部分歐洲形制的戰(zhàn)船和工匠，由軍工司接手參與研發(fā)制造新型艦船。接下來(lái)還是和日本一樣的經(jīng)濟(jì)殖民操作，總結(jié)戰(zhàn)爭(zhēng)經(jīng)驗(yàn)、宣傳工作跟進(jìn)，南洋地區(qū)的貿(mào)易徹底納入明朝官方的管制之下。

鄭芝龍按照承諾被封為拓南侯，官邸放在臺(tái)灣，也方便和鄭成功見(jiàn)面。明朝官方和鄭芝龍分別出資60%和40%組建南洋開發(fā)商行，集海上貿(mào)易和軍事安保于一體，安排一部分退伍軍人，享受半稅待遇。為了增加出口貿(mào)易，王徵改進(jìn)了織布機(jī)，飛梭織布機(jī)比起以前的織布機(jī)只不過(guò)加幾個(gè)滑輪組的事，技術(shù)上沒(méi)有難度，加上收回的海關(guān)權(quán)利，每年大概能增加兩千萬(wàn)兩白銀的財(cái)政收入，以后出口商品增加了還會(huì)更多。

這三年的事情也不只是戰(zhàn)爭(zhēng)，《崇禎歷書》的編纂進(jìn)度已經(jīng)達(dá)到了七成，新來(lái)到明朝的那些歐洲傳教士已經(jīng)精通中文并且學(xué)習(xí)了儒學(xué)經(jīng)典和其他相關(guān)的中國(guó)學(xué)問(wèn)，有了伽里略、笛卡爾和“天空立法者”開普勒三個(gè)歐洲大佬的參與和幫助，《崇禎歷書》的內(nèi)容比歷史上豐富了許多，這也是到現(xiàn)在還沒(méi)有編寫完成的原因。

李天經(jīng)、薛鳳祚這些明朝本土天文學(xué)者都已經(jīng)調(diào)入了編寫工作組，成為了格理院翰林學(xué)士，天文學(xué)水平也在這個(gè)過(guò)程中提高了一大截，只是王錫闡還是一個(gè)兒童，沒(méi)有成長(zhǎng)起來(lái)。揭暄也是朝廷的暗中牽線之下已經(jīng)成了方以智的學(xué)生，同時(shí)在國(guó)子監(jiān)軍校學(xué)習(xí)軍事，按照歷史上他涉獵的專業(yè)已經(jīng)全面培養(yǎng)。

當(dāng)然這些發(fā)展和沈飛本人關(guān)系不大，沈飛還是希望綜合更多的醫(yī)藥學(xué)高手改進(jìn)完善自己手里的幾張藥方，在傅山妻子陷入重病，其他醫(yī)生久治無(wú)效時(shí)，沈飛去了一趟出手治愈了他的妻子，之后亮明了身份要求他“轉(zhuǎn)專業(yè)”學(xué)醫(yī)，其他的李中梓、汪昂、張璐也提前找了來(lái)先學(xué)習(xí)一段，等他們醫(yī)術(shù)大成就可以交代他們?nèi)蝿?wù)了。

在這三年之中又有一部官方主持著作開始了編寫，抽調(diào)了全國(guó)各地官方和民間大量學(xué)者進(jìn)行，就是中國(guó)思想史。原先《宋元學(xué)案》黃宗羲只是確定大綱和少量手稿，《明儒學(xué)案》只是黃宗羲的個(gè)人著作，對(duì)于這么重要的思想史著作實(shí)在太不像話了。

而且黃宗羲明顯是以心學(xué)為主體，前期主要人物陳獻(xiàn)章就是心學(xué)的代表人物，中期的王陽(yáng)明更是心學(xué)的門面人物，也最詳細(xì)。除了列入王陽(yáng)明本人的《姚江學(xué)案》還有江中王門、江右王門、南中王門、楚中王門、北方王門、粵閩王門，傾向性也太明顯了。