錢謙益命令把看押的士兵摘下吳昌時的凌云巾拿了過來，摸到頂部有一小片軟綿綿微凸不平的東西，用小刀割開，像是一片風干的肉皮，眾人一查看，才確定是刺客石田介耳朵上殘缺的一部分。鄭三俊指認刺客時，就是以石田介耳朵少了一片作為一個特征的。
錢謙益稍微一想就明白了是怎么回事，這耳朵殘片應該是一直被石田介貼身收藏，多半是他在日本時被一個有關系的女子咬下來的，也許那個女子死了，他為了紀念這個女子，就把這片耳朵風干，貼身藏在掛飾里，算是一種日本人的怪癖。
到南京時，吳昌時招待石田介的女子，發現了這片耳朵，就乘著石田介不注意偷走或者掉包了。吳昌時事后又見了這個女子并且留宿，這個女子乘吳昌時睡熟后，偷偷把這片耳朵縫進了吳昌時的凌云巾里，吳昌時根本不知道，還頂著這個凌云巾到直走動。這個女子這樣做可能是想抓一個吳昌時的把柄在手里，當然最有可能是被陳洪范收買指使這么干的。
陳洪范受了吳昌時委托，幫助刺客出城，也怕萬一刺客出城失敗被抓，孫承蔭把他供出來，他指認是吳昌時委托他的，吳昌時堅決否認，就事先留了一個后手。錢謙益明白了崇禎為什么一定要收拾陳洪范的原因，這家伙果然是極其狡猾奸詐，和吳昌時堪稱腹黑一對。
兩個人都做好了如果事情敗露就把黑鍋推給對方，把自己洗得干干凈凈的準備，只不過從結果看來，還是陳洪范計高一籌，吳昌時太小看陳洪范了，在毫無知覺的情況下被陳洪范算計，首先用證據鎖死了吳昌時。
錢謙益拿著這個證據質問吳昌時，吳昌時終于張口結舌，說不出話來。其他人看到這樣的情形，也都明白吳昌時確實在撒謊，確實策劃了行刺案件，即便沒有供詞，也足以定案了。鄭三俊怒斥吳昌時卑劣，欺騙了他。
錢謙益讓其他幾個平時和吳昌時交往密切的生員離開了，唯獨把崇禎交代要收拾的左光先留了下來。左光先在沒有確鑿證據前非常賣力地幫吳昌時站隊，在錢謙益說阮大鋮不是主使，他已經抓到了刺客時，指責錢謙益如果隨便找個人來冒充刺客被揭穿，那就聲名掃地，成為士林不齒的敗類，只怕比阮大鋮還不如了，語氣充滿威脅。
接著更教訓錢謙益說如果現在迷途知返，他們念在錢謙益過去和東林的情分上，還可以講一講恕道。正邪分明，絕不斷混淆。錢謙益要是一念之間，踏錯半步，就是人妖殊途。阮大鋮當年也曾是東林中人，讓錢謙益引以為鑒。
左光先的年齡只比錢謙益大兩歲，只是一個舉人，論資質、功名都比錢謙益差得遠，卻擺出這么一副長輩教訓后輩的口氣，老氣橫秋地對錢謙益說話，不僅因為是左光斗的弟弟，向來以東林烈屬自居，而且也是自視很高，驕狂剛愎的性格。錢謙益當時表面上沒什么，心里已經非常惱火，覺得崇禎要找機會收拾他非常正確。
之后鄭三俊指認刺客之前，左光先又先后兩次暗示，第一次說錢謙益已經和閹黨勾結，要是讓他得逞，又是一場對東林的災難，天啟年間東林被殘害的大禍又會重演。暗示鄭三俊如果指認石田介為刺客，會造成對東林極為不利的嚴重后果。在正式指認之前又暗示鄭三俊要看仔細一些，天下難免有形貌相似的人，鄭三俊當時又是遠觀，不要錯認了云云，卻起了反作用，鄭三俊也對一個舉人反復暗示教他做事的驕狂態度相當不滿，瞪了他一眼，當場指認出了刺客。
錢謙益就以左光先這兩條為把柄，說他先是要他迷途之返，否則下場比阮大鋮還不如之類，是要挾朝廷命官徇私枉法。鄭三俊指認刺客之前說的兩段時更是明擺著要鄭三俊作偽證。憑這兩條，讓南直隸提學革除了左光先的舉人功名，打了他五十大板，算是完成了崇禎交代的任務。
吳昌時已經定罪的謀劃行刺案當然也足夠革除功名，繼續審問下去，就全部供認了出來。張溥、陳子龍被調去了北京，張采中了進士去外地當縣令了以后，原定的復社成立大會聲勢大降，有些群龍無首。吳昌時野心勃勃，想著做幾件事才能眾望所歸成為復社領袖。
戰時新政傳到江南，吳昌時就決定在南京制造些大案。給來南京督促新政的官員下馬威，煽動士子和市民抄閹黨余孽的家宅，讓有贊同新政意向的士紳心生畏懼，給也朝廷壓力，擔心江南陷入動亂，不敢過于強硬。
正好聽說阮大鋮曾經說過玄武湖黃冊燒了反而是好事的言論，就決定先從火燒玄武湖黃冊開始，派親信收買了兩個阮大鋮的門客，成天請玄武湖上的庫吏喝酒賭博，到了指定的日子，給這兩個門客一筆錢，隱姓埋名逃往外地，再派人先燒了一間存放黃冊的庫房。
他的親信又自作主張，以為燒一間庫房不夠轟動，效果不夠強，就收買了一批水性好的家伙，乘夜晚開船進了島中，在所有庫房上都布下了引火材料，到白天同時點燃，乘著大火起來，人們都陷入慌亂時，把船鑿沉，人都跳進水中游回岸邊。事后查起來，只要發現阮大鋮的門客與眾庫吏來往結交的情形，就容易把懷疑的矛頭指向阮大鋮。
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