由于近代將明清“開海”作為政治正確的觀點之一，被劃為“禁海派”的朱紈在后世的評價并不算高。
但從皇帝的角度來看，朱紈確實是嘉靖朝一名清正肯干的賢臣。
在隆慶開海前，閩、浙兩省由于長期海禁，民間海外貿易作為違法行為，一直處于偷偷摸摸、暗地里發展的尷尬境地。
而當時中國沿海地區的各個階層，無論窮富和職業，皆與海上對外貿易利益相關。
在此情況下，不少沿海商民只有公然違抗法令，私自出海貿易，有些甚至不惜勾結“夷人”和“倭寇”，并訴諸武力，引發了著名的“嘉靖倭亂”。
嘉靖二十六年，一伙三百四十多人的福清私商泛海通番，明廷諭查劾海道官員，朱紈便因此被任命巡撫浙江兼管福建海道，并提督軍務。
朱紈到任后，發現海防松弛，不堪入目，昔日戰艦十不存一，兵額嚴重不足，漳州、泉州那么大一片海域，從前舊額是二千五百人，到嘉靖二十六年僅剩一半都不到，且多為老弱殘兵。
于是他著力整頓海防官軍、厲行海禁、拆毀違式大船，革絕渡船，嚴格保甲，搜捕奸民。
同時又派遣都指揮盧鏜領兵，一舉搗毀雙嶼島的走私貿易巢穴，盧鏜率福清兵奮勇殺敵，很快就討平了盤踞于覆鼎已一帶的倭寇，并在九山洋水戰中打敗王直。
接著，明軍在雙嶼筑置堡壘，擒斬真假倭寇不少，連大盜李光頭也落網被殺。
當時整個帝國都知道，所謂的“倭亂”，絕大多數是亦商亦盜、以海外貿易為生的浙閩兩省人，只有極少數的日本浪人參與其中，而且這些日本人往往受雇于中國大海商。
而朱紈在給朝廷報捷的奏疏中，公然指責浙閩兩省的世家大族與“倭寇”有勾結，并在疏中憤然明言，“去外國盜易，去中國盜難；去中國瀕海盜猶易，去中國衣冠之盜尤難”。
這項指控，相當于在浙江、福建沿海的豪強家族中扔下一顆巨型炸彈。
由于福建、浙江兩省的沿海豪民皆在朝中有代理人，兩省的豪門大族，立刻動用家族中所有的官場資源，對朱紈展開了強烈反擊。
浙閩籍的朝廷言官紛紛彈劾朱紈，一方面說被俘的海盜都是良民，不是賊黨，更不是倭寇，要求從輕發落。
另一方面說朱紈污蔑浙閩士人，惑亂視聽，并上奏說朱紈巡撫浙江兼管福建海防的職權過于繁重，請求明世宗改巡撫為巡視，從而削減了朱紈的權力。
之后又有御史陳九德彈劾朱紈，認為他在福建走馬溪之役中擒獲海賊李光頭等人后，就地斬首的行為是為“擅殺”。
在明朝，生殺大權必須掌握在皇帝手里，朱紈擅自殺伐，給了言官彈劾他謊報軍功、僭越權力的理由。
結果明世宗因此便革了朱紈的職，還派人去軍中審問調查。
在朝廷派出的審訊官到來之前，朱紈已看出閩浙官員必得加罪于他，因而悲憤道，“縱天子不欲死我，閩浙人必殺我”。
隨即，朱紈便仰藥自盡。
自此明廷罷巡視大臣不設，中外搖手不敢再言海禁之事，從此海防廢弛，海寇、豪民彈冠相慶。
朱紈死后不到五年，葡萄牙人便通過行賄進入了澳門，并成功取得了居住權。
朱紈死后十七年，隆慶帝即位改元，解除了一直以來禁止百姓“販夷”的律法，允許福建漳州、泉州百姓“準販東西二洋”，打破了自朱元璋時期就確立的民間私人海上對外貿易的禁令。
從現代人的角度來看，朱紈的犧牲無疑是一種“落后”的犧牲。
嘉靖年間，世界已進入“大航海”時代，明廷已經放棄了原來作為法定貨幣的大明寶鈔，轉而使用具有硬通貨性質的白銀來重新構建帝國的貨幣體系。
閩浙人順應了歷史潮流，用茶葉、瓷器、絲綢、棉布、藥材等“中國制造”來換取世界白銀。
這個時候帝國怎么會需要一個厲行海禁的賢臣呢？再賢的賢臣也抵不過歷史大勢，那些“海寇”在后人眼里才是生錯了時代。
朱紈為了他的政策付出了生命，可這付出了的生命在朱翊鈞眼里卻顯得多么多余。
現在朱翊镠卻拿這一條多余的性命來反駁自己了。
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